脚本更新----借助banksy的力量实现HD数据的多样本整合2

作者，Evil Genius

经过一晚上的测试，事实证明必须进行Seurat版本转换。

有几个小的细节需要大家注意。

1、banksy计算邻域的时候，官方给的代码是

object <- RunBanksy(object, lambda = 0.8, verbose = TRUE, assay = "Spatial.008um", slot = "data", features = "variable", k_geom = 50 )

只计算高变基因的邻域，这个地方要注意，根据项目思考是否需要把所有基因，或者更多关注的基因纳入进来。

注意点2、HD数据直接参考单细胞那样的整合是行不通的，需要一点变通，因为BANKSY生成的并不是Seurat 的V5结构，而是V4结构。

这样在merge的时候就会产生错误，尤其直接采用BANKSY的slot进行V5整合的时候。

第三，整合的时候，V5采用了layers，就是矩阵之间分开放，但是分析PCA确实整合在一起的，而BANSKY呢？也是生成了邻域的分子矩阵。

第四，要不要采用sketch方法，这个目前发表的一篇实验类的HD文章是采用了，但是实际中不采用也可以,尤其banksy，需要的是Spatial.008um或者Spatial.016um。

所以在运行的时候，V5运行完banksy，需要借助V4的力量进行整合分析了。

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